南京自古教育繁盛，有记载的最早的学校由丹阳太守建立于公元30年(东汉建武六年)。早自汉代，江东私学已经比较发达。南京的官办高等教育则始自东吴。258年(吴永安元年)孙休诏立五经博士创立国学，历晋代与宋、齐、梁、陈四朝南京太学，宋代江宁府茅山书院是当时六大书院之一，至明南京国子监时期为世界最繁盛之最高学府;金陵非京都时代由中央学府改作南京府学，1650年明国子监改为清江宁府学;此外，宋初设立明道书院、茅山书院，清代设有钟山书院、惜阴书院，清末又开办了江南实业学堂、江南武备学堂、江南陆师学堂、江南水师学堂、金陵工艺大学堂等新式学堂。基础教育1884年，美国基督教长老会在南京开办明德书院。1923年，陈鹤琴创办的鼓楼幼稚园是中国第一所幼儿教育实验研究中心。南京最早的公立中学是1902年三江师范学堂附设的附属中学(现南师附中)。截至2012年，全市拥有普通中学220所，在校学生23.07万人;中等职业学校32所，在校学生8.36万人;普通小学344所，在校学生30.72万人。中小学小班化实验学校157所，市小班化示范小学达到20所。全市拥有民办中小学29所，在校学生4.80万人。成人高校9所，在校学生17.83万人。全市拥有建制幼儿园578所，在园幼儿17.06万人，全市省级优质园达317所。著名中学：南京外国语学校、南师附中、金陵中学、南京市第一中学、中华中学、南京市第九中学、南京市第十三中学、宁海中学。著名小学：南京师范大学附属小学。高等教育南京是中国大陆高等教育资源最集中的五大城市之一，国家三大高等教育中心，国家四大科研教育中心，科教综合实力仅次于北京、上海，居全国第三位，拥有的国家重点学科居全国第三位，2011中国高等教育重镇排行仅次京沪。南京高等教育毛入学率为57.9%，人均受教育超过14年。从南京走出的两院院士近200人，截至2012年，在宁工作的两院院士81人，每万人中大学生数量超过1100人，2009年被推选为“中国最具教育发展力城市”。截至2012年，在南京的普通高等学校共有54所，在校大学生71.96万人，研究生培养机构31个，在校研究生9.57万人，每万人拥有在校大学生数量居中国第一，每万人拥有在校研究生数量居中国第二，在南京的中国科学院和中国工程院院士数量居全国第三。国家“千人计划”特聘专家87名，仅次于北京、上海。